針對食管法未納入牛豬分離之政策，衛生署提出以下說明:
行政院已完成「食品衛生管理法」修正案草案審查，條文總數由原本的四十條，增至近六十條，幾乎是重新全盤檢討現行食品衛生相關法令與執行面上所遭遇的問題，透過法規的修訂，建立全面性食品安全體系，以達成陳冲院長之前宣示「安心內閣要從安心食品做起」的目標。而修法的契機，也並非因為解禁美國牛肉使用萊克多巴胺的爭議，而是去年塑化劑風波後，當時的陳冲副院長就已指示衛生署，對現行食管法通盤檢討。
有關美國牛肉問題，行政院日前已經提出「安全容許、牛豬分離、強制標示、排除內臟」政策方向。在政院版的食管法中，也特別針對有關食品的標示、檢驗、查核等內容，均以專章處理，而政院版食管法中，也特別增訂直接供應飲食之場所強制標示的法源依據，以達到「強制標示」的目的。衛生署也將本於專業，透過嚴謹的風險評估，訂定出合於國人飲食習慣的安全容許量，以確保國人食品安全衛生與健康。 在行政院版本中並未特別明訂「牛豬分離」，係因就現行法規已足夠執行牛豬分離政策，不需要另外在食管法中明文規定，且在食管法就針對單一禽畜動物規定，也恐怕無法窮盡各類禽畜動物，容易衍生後續還需增修法條的問題。以澳洲為例，牛豬分離之政策可透過農政單位禁止或不核准使用萊克多巴胺以及衛生單位不訂定安全容許來執行，因此無於食管法特別加以規範之必要，而且行政院已經明確提出「牛豬分離」之政策方向。
